SARS-CoV-2 E484K Mutation Detection Kit
SARS-CoV-2 E484K 突变检测试剂盒
- 产品特性
- 相关资料
- Q&A
- 参考文献
SARS-CoV-2 E484K Mutation Detection Kit
SARS-CoV-2 E484K 突变检测试剂盒
◆试剂盒组成
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20 Reactions |
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RT酶混合物（20×） |
20 µL x 1支 |
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一步反应混合物（2×） |
200 μL x 1支 |
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484E Wild Type Primer & Probe Mixture（probe：FAM） |
10 µL x 1支 |
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E484K Mutant Type Primer & Probe Mixture（probe：FAM） |
10 µL x 1支 |
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200 Reactions |
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RT酶混合物（20×） |
200 µL x 1支 |
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一步反应混合物（2×） |
1 mL x 2支 |
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484E Wild Type Primer & Probe Mixture（probe：FAM） |
100 µL x 1支 |
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E484K Mutant Type Primer & Probe Mixture（probe：FAM） |
100 µL x 1支 |
◆背景
新冠病毒突变株在世界范围内不断扩散，感染人数也在不断增多。
有报告指出，新冠病毒Beta（B.1.351）突变株和Gamma（P.1）突变株含有的E484K突变或会逃避免疫，使疫苗的效果降低1-3）。
※ Beta（B.1.351）突变株：在南非首次发现的突变株
※ Gamma（P.1）突变株：在巴西首次发现的突变株
通过FUJIFILM Wako开发的Primer设计技术，可以高灵敏检测难以被检测的基因点突变。本产品是快速简便检测E484K突变的试剂盒。
◆特点
● 判定容易
通过比较使用突变株与野生株Primer/Probe Set时的Ct值来判定
● 一步法RT-qPCR快速检测突变
约70 min即可完成
● 使用FUJIFILM Wako研发的Primer/Probe，高灵敏检测突变
● 所有突变株均可在相同的反应条件下检测
由于N501Y、E484K、L452R、E484Q的PCR反应条件均相同，可在同一个96孔板中进行检测。
◆检测原理
采用TaqMan®探针的一步法RT-qPCR。
利用FUJIFILM Wako开发的Primer，高灵敏度检测点突变。
▼使用前
病毒RNA量较多情况下，在突变株中使用常规株（非突变）检测用“484E Wild type Primer & Probe Mixture”，也可以观察到扩增信号。请务必使用常规株（非突变）检测用的“484E Wild type Primer & Probe Mixture”和突变株检测用的“E484K Mutant Type Primer & Probe Mixture”两种试剂进行检测。
比较两个Ct值，若突变株检测用“E484K Mutant Type Primer & Probe Mixture”的Ct值小，则可判断病毒为E484K突变株。
◆突变株的检测应用数据
本试剂盒已经检出以下3种新冠病毒（SARS-CoV-2）株。
● Gamma株（P.1）突变株（TY7-501、E484K突变、N501Y突变，由日本国立感染症研究所提供）
● Beta株（B.1.351）突变株（TY8-612、E484K突变、N501Y突变，由日本国立感染症研究所提供）
● Alpha株（B.1.1.7）突变株（QHN001、E484K无突变、N501Y突变，由日本国立感染症研究所提供）
● VR-1986HK（E484K无突变、N501Y无突变、ATCC)
样品拷贝份数：5000、500、50 copies/Well
循环数：45
① gamma（P.1）株：TY7-501（E484K突变、N501Y突变）
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5000 copies |
500 copies |
50 copies |
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Gamma株 （含有E484K突变） |
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对于含有E484K突变的gamma株（P.1）突变株，使用突变株检测用的“E484K Mutant type Primer & Probe”，可以确认到扩增信号。
常规株（非突变）检测用的“484E Wild type Primer & Probe”，在5000 copies的条件下可以观察到扩增信号，但可以在更低Ct值下检测到突变株，由此判断为E484K突变株。在500 copies和50 copies的条件下，未能检测到常规株（非突变）的扩增信号。
② Beta株（B.1.351）：TY8-612（E484K突变、N501Y突变）
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5000 copies |
500 copies |
50 copies |
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Beta株 （含有E494K突变） |
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对于含有E484K突变的beta株（B.1351）突变株，使用突变株检测用的“E484K Mutant type Primer/Probe”，可以确认到扩增信号。
常规株（非突变）检测用的“484E Wild type Primer/Probe”，在5000 copies的条件下可观察到轻微的扩增信号，但可以在更低的Ct值下检测到突变株，由此判断为E484K突变株。在500 copies和50 copies的条件下，未能检测到常规株（非突变）的扩增信号。
③ Alpha株（B.1.1.7）：QHN001（E484K无突变、N501Y突变）
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5000 copies |
500 copies |
50 copies |
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alpha株 （含有E484K突变） |
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对于不含E484K突变的alpha株（B.1.1.7）突变株，利用常规株（非突变）检测用的“484E Wild type Primer＆Probe”，可以确认到扩增信号。
突变株检测用的“E484K Mutant type Primer＆Probe”，在5000copies的条件下可观察到扩增信号，但可以在更低的Ct值下检测到常规株（非突变），由此判断为常规株的突变株。在500 copies和50 copies的条件下，未能检测到突变株的扩增信号。
④ VR-1986HK（E484K无突变、N501Y无突变)
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5000 copies |
500 copies |
50 copies |
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无突变 |
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对于不含N501Y突变和E484K突变的VR-1986HK，利用常规株（非突变）检测用的“484E Wild type Primer＆Probe”，可以确认到扩增信号。
关于突变株检测用的“E484K Mutant type Primer＆Probe”，在5000 copies的条件下可观察到扩增信号，但可以在更低的Ct值下检测到常规株（非突变），由此判断为常规株的突变株。在500 copies和50 copies的条件下，未能检测到突变株的扩增信号。
◆PCR反应条件
◆常规株以及突变株的基因型
FAQ
Q：能否判定新冠病毒阳性/阴性？
A：本试剂盒检测阳性样品中是否存在基因突变，无法判定阳性/阴性。
Q：能否检测用直接PCR法简单提取的RNA样品？
A：本试剂盒无法检测简单提取的RNA。请使用RNA提取/纯化试剂盒等生成的RNA。
离心柱：ISOSPIN Viral RNA（产品编号： 310-08931, 日本基因）
自动核酸提取仪：QuickGene-Auto 12S/24S（倉敷紡績，还需要QuickGene AutoS RNA Virus Kit）
Q：试剂盒包装“200 Reactions”是什么意思？
A：【200 Reactions】是指实时PCR可以分开200孔进行。1个样品需要2个孔，即100个样品。
① 含有常规株的Primer＆Probe的孔
② 含有突变株的Primer＆Probe的孔
Q：试剂盒中是否包含病毒的阳性对照RNA？
A：本试剂盒不含阳性对照。若有需要，请向FUJIFILM Wako客服咨询。
Q：当野生株和突变株的扩增曲线均起峰时，应如何判断？
A：如果病毒量高，无论是突变株样品，还是野生株，都有可能在其Primer＆Probe中观察到扩增信号。然而，在此情况下，突变株的扩增信号上升
得更快（Ct值小）。请务必通过突变株和常规株用的两种Primer＆Probe进行检测，以确定 Ct 值的差异。
Q：是否存在E484K单独突变？
A：不含N501Y突变、但含E484K突变的E484K单独突变株，已被确认为R.1株。但目前的信息较少，日本国立传染病研究所认为它是需要关注的突
变株（VOI），而不是高关注突变株（VOC）。
参考文献
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1. |
Nelson, G., Buzko, O., Spilman, P., Niazi, K., Rabizadeh, S., Soon-Shiong, P. : bioRxiv (2021). doi:https://doi.org/10.1101/2021.01.13.426558 |
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2. |
Jangra, S., Ye, C., Rathnasinghe, R., Stadlbauer, D., PVI study group, Krammer,F., Simon, V., Martinez-Sobrido, L., García-Sastre, A., Schotsaert, M. : medRxiv (2021). doi:https://doi.org/10.1101/2021.01.26.21250543 |
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3. |
Wang, Z. et al. : Nature (2021). doi:10.1038/s41586-021-03324-6 |
| 产品编号 | 产品名称 | 产品规格 | 产品等级 | 备注 |
| 287-35603 | SARS-CoV-2 E484K Mutation Detection Kit SARS-CoV-2 E484K突变检测试剂盒 |
20 Reactions | ||
| 281-35601 | SARS-CoV-2 E484K Mutation Detection Kit SARS-CoV-2 E484K突变检测试剂盒 |
200 Reactions |
