SARS-CoV-2 N del31-33 突变检测试剂盒
SARS-CoV-2 N del31-33 Mutation Detection Kit
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- Q&A
- 参考文献
SARS-CoV-2 N del31-33 Mutation Detection Kit
SARS-CoV-2 N del31-33 突变检测试剂盒
本产品是一步法RT-qPCR检测新型冠状病毒(SARS-CoV-2)Omicron毒株(B.1.1.529)中N区存在的特征性突变del31-33的试剂盒。del31-33 是指N区第31~33位中E、R 和 S三个氨基酸缺失的突变。Omicron毒株是在南非首次发现的变异株,在刺突蛋白中含有30多个突变。它比传统的变异株具有更高的传染性,因而被世界卫生组织(WHO)列为“关切变异株”(Variant of Concern;VOC)。
本产品针对的是突变位点少的N区突变,并非突变位点多的S区。因此引物探针不会与其他突变位点产生反应、干扰测试,即可特异性、高灵敏度检测Omicron。
经证实,本产品不与Alpha变异株、Beta变异株、Gamma变异株产生反应,只与Omicron毒株产生特异性反应。
SARS-CoV-2 N del31-33 突变检测试剂盒【281-37703】
◆试剂盒组成
20 Reactions |
|
RT 酶混合物(20×) |
20 μL×1 |
一步反应混合物(2×) |
200 μL×1 |
野生型引物&探针混合物 |
10 μL×1 |
N del31-33突变型引物&探针混合物 |
10 μL×1 |
◆特点
● 容易判断
● 使用突变型和传统型的引物/探针套装时,可通过比较Ct值进行判断
● 一步法RT-qPCR法快速检测突变
● 约70 min 即可完成
● 使用独立研发的引物探针进行高灵敏突变检测
● 当与其他突变体检测试剂盒组合使用时,所有变异株均可于同一反应条件下在1块96孔板上进行检测
● N501Y、E484K、L452R、E484Q、del247-253、N del31-33试剂盒的所有PCR反应条件相同,因此可在
● 1块96孔板上进行检测
◆检测原理
采用TaqMan® 探针的1-step RT-qPCR。
▼使用前 (非突变)型检测用的Wild Type Primer/Probe 和突变型检测用的Mutant Type Primer/Probe两种进行检测。比较两种Ct值,若突变型检 测用Mutant Type Primer/Probe的Ct值较小,则判断该病毒为变异株。 |
◆实验案例
变异株检测的应用数据
用以下5种新型冠状病毒株的纯化RNA对本试剂盒进行测试:
● Omicron毒株(B.1.1.529):TY38-873P1,由日本国立传染病研究所提供
● alpha毒株(B.1.1.7):QHN001,N501Y突变,由日本国立传染病研究所提供
● Beta毒株(B.1.351):TY8-612,N501Y突变,E484K突变,由日本国立传染病研究所提供
● gamma毒株(P.1):TY7-501,N501Y突变,E484K突变,由日本国立传染病研究所提供
● 传统毒株(VR-1986HK):从ATCC购买的热灭活新型冠状病毒株
样本拷贝数:5000拷贝/孔
循环数:45
① Omicron株(B.1.1.529):TY38-873P1
Omicron毒株在N区含有del31-33突变,因此N del31-33 Mutant type Primer / Prob的扩增曲线(红色)比Wild type Primer / Probe的扩增曲线(蓝色)更早起峰。
② alpha株(B.1.1.7):QHN001
alpha毒株在N区中不含del31-33突变,因此Wild type Primer / Probe(蓝色)的扩增曲线比 N del31-33 Mutant type Primer / Probe(红色)的扩增曲线更早起峰。虽然alpha毒株与Omicron毒株均含有N501Y突变,但经确认本产品不与alpha毒株产生反应。
③ Beta株(B.1.351):TY8-612
Beta毒株在N区中不含有del31-33突变,因此Wild type Primer / Probe的扩增曲线(蓝色)比N del31-33 Mutant type Primer / Probe的扩增曲线(红色)更早起峰。虽然Beta毒株与Omicron毒株均含有N501Y突变,但经确认本产品不与Beta毒株产生反应。
④ gamma毒株(P.1):TY7-501
gamma毒株在N区中不含del31-33,因此Wild type Primer / Probe的扩增曲线(蓝色)比N del31-33 Mutant type Primer / Probe的扩增曲线更早起峰。虽然gamma毒株与Omicron毒株均有N501Y突变,但经确认本产品不与gamma毒株产生反应。
⑤ 传统毒株(VR-1986HK):从ATCC购买的热灭活新型冠状病毒株
传统毒株在N区中不含del31-33突变,因此Wild type Primer / Probe的扩增曲线(蓝色)比N del31-33 Mutant type Primer / Probe的扩增曲线(红色)更早起峰。
对照RNA的检测数据
使用本试剂盒测定合成Omicron菌株的对照ssRNA。
在不含N del31-33突变的对照ssRNA(Wild Type Control RNA)中,Wild type Primer / Probe的扩增曲线(蓝色)比N del31-33 Mutant type Primer / Probe的扩增曲线(红色)更早起峰。
在含N del31-33突变的对照ssRNA(N del31-33 Mutant Type Control RNA)中,N del31-33 Mutant type Primer / Probe的扩增曲线(红色)比Wild type Primer / Probe的扩增曲线(蓝色)更早起峰。
PCR反应条件
将板置于qPCR仪板,按以下流程设定。
◆变异株一览表
变异株 |
N501Y突变 |
E484K突变 |
L452R突变 |
E484Q突变 |
del247-253突变 |
N del31-33突变 |
传统毒株 |
- |
- |
- |
- |
- |
- |
Alpha毒株 |
+ |
- |
- |
- |
- |
- |
Beta毒株 |
+ |
+ |
- |
- |
- |
- |
Gamma毒株 |
+ |
+ |
- |
- |
- |
- |
Epsilon毒株(B.1.427/B.1.429) |
- |
- |
+ |
- |
- |
- |
Kappa毒株(B.1.617.1) |
- |
- |
+ |
+ |
- |
- |
Delta毒株 (B.1.617.2) |
- |
- |
+ |
- |
- |
- |
Lambda毒株 (C.37) |
- |
- |
- |
- |
+ |
- |
Omicron毒株(B.1.1.529) |
+ |
-※ |
- |
-※ |
- |
+ |
※含E484A突变
※ 本页面产品仅供研究用,研究以外不可使用。
FAQ
Q1:是否可以判断新型冠状病毒阳性/阴性?
A1:本试剂盒用于检测阳性样品中是否存在基因突变,不能判断为阳性/阴性。请使用SARS-CoV-2 RT-qPCR Detection Kit Ver. 2(产品编号:285-33801)进行阳性/阴性的判断。本试剂盒也可以与 RNA简易提取试剂SARS-CoV-2 Lysis Buffer Ver. 2(产品编号:281-34501) 配合使用。
Q2:是否可以检测direct PCR 等简单提取的RNA样品?
A2:请使用RNA提取/纯化试剂盒纯化的RNA。
● 离心柱类型:ISOSPIN病毒RNA(产品编号:310-08931,Nippon Gene)
● 自动核酸提取仪:QuickGene-Auto 12S / 24S(仓敷纺织,另需QuickGene AutoS RNA Virus Kit,产品编号:633-50801)
Q3:试剂盒包装【20 Reactions】是指?
A3:【20 Reactions】指可以分开进行20孔的实时PCR。每个样品需要2个孔(如下),即10个样品。
①含有传统菌株Primer / probe的孔
②含有变异毒株Primer / probe的孔
Q4:试剂盒中是否包含病毒的阳性对照RNA?
A4:本试剂盒不含阳性对照。
Q5:当野生型和突变型的扩增曲线均起峰时,应如何进行判断?
A5:如果病毒量高,无论是变异株样品,还是野生株,都有可能在其引物/探针中观察到扩增信号。然而,在此情况下,变异株的扩增信号上升得更快(Ct值小)。请务必通过变异株和传统菌株用的两种引物和探针进行检测,以确定 Ct 值的差异。详情请参阅说明书中的“判断方法”。
产品编号 | 产品名称 | 产品规格 | 产品等级 | 备注 |
281-37703 | SARS-CoV-2 N del31-33 Mutation Detection Kit SARS-CoV-2 N del31-33 突变检测试剂盒 |
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